历史学系1925年正式设立，时称史学系。1937年随校本部迁往重庆，1938春改为史地学系。

1949年夏，暨南大学和同济大学文学院并入复旦，复改为史学系。1952年全国院系调整后，江浙多所大学著名史学家加盟，遂成为名家云集的一流史学系。中国史领域有周予同、谭其骧、陈守实、胡厚宣、杨宽、马长寿、蔡尚思等，古史学家顾颉刚也曾担任本系教授；世界史领域则有周谷城、王造时、耿淡如、章巽、田汝康等；还有当时已脱颖而出的中青年史家，如程博洪、张荫桐、胡绳武、赵人龙、金冲及等。

复旦历史学系的研究特色逐步形成，其中如陈守实的中国土地制度史研究，周予同的中国经学史研究，周谷城的世界古代史研究，耿淡如的西方史学史研究，蔡尚思的中国思想文化史研究，谭其骧的中国历史地理研究，胡厚宣的甲骨文研究，杨宽的先秦史研究，章巽的中西交通史研究，田汝康的中外关系史研究等，都有很高的学术建树。他们开拓性的学术贡献奠定了复旦历史学系在中国史学界的学术地位。在学术建制方面，1959年复旦历史学系在国内率先成立中国历史地理研究室，1964年在周恩来总理直接关心下成立拉丁美洲史研究室，1979年成立中国思想文化史研究室，一时引领风气之先。

改革开放以来，历史学系获得了新的发展。1981年，中国古代史、历史地理学、世界上古史中古史3个学科点被评定为国家首批博士点，1986年新增世界近现代史、世界地区史国别史2个博士点。1982年获教育部批准，成立中国历史地理研究所，1984年开创文物与博物馆学专业。1994年复旦历史学系列入教育部“国家文科基础学科人才培养基地”，1996年建立历史学博士后流动站，1997年成为国内首批5家获得历史学一级学科博士学位授予权的单位之一。2004年“中外现代化进程研究中心”列入教育部人文社会科学重点研究基地；2007年“中国近现代史”成为“国家重点学科”。

目前历史学系拥有中国史和世界史2个一级学科。中国史学科下设中国古代史、中国近现代史、中国当代史、史学理论及中国史学史、专门史、历史文献学6个二级学科；世界史下设史学理论及外国史学史、世界上古史中古史、世界近现代史、世界地区国别史4个二级学科；并设中国史和世界史两个博士后流动站。此外, 1989年开设的旅游与旅游文化类课程，1993年获准设立旅游管理专业， 2002年正式组建旅游学系，行政由历史学系兼管。

历史学系目前有教职员工101名，其中教授41名，包括2名国务院学位委员会学科评议组专家，3名教育部长江特聘教授，6名复旦大学特聘教授。

2017年，在教育部第四轮学科评估中，中国史学科被评为A+。2018年，中国史学科入选上海市高峰学科建设计划。