专作：
《德贞传——一个英国传教士与中国医学现代化》，专著，复旦大学出版社 2008年
合著编著：
《中外医学文化交流史—中外医学跨文化传通》（合著）文汇出版社 (上海) 1993年
《医学导论》（合著）副主编 中医古籍出版社 1995年
《医学史》（合著）编委 北京大学出版社 2004年
《中外医学史》(合著）编委 中国中医药出版社 2005年
《怀真集》（编者）复旦大学出版社 2013年
《本草环球记——5世纪以来全球市场上的药物、贸易与健康知识生产》（合著） 中华书局 2023年
论文：
1、《在近代中国的医学传教》，《上海医科大学学报》，1989.10
2、《京师同文馆的医学讲座》，《中国科技史料》，1990.4
3、《西医传入过程中的京师同文馆》，《自然辩证法通讯》，1991.2
4、《希腊的哲人医生》 ，《医学与哲学》，1992.10
5、《晚清政府对西医学的认知过程》 ，《自然辩证法通讯》， 1994.5
6、《在近代中国的医学传教》，朱维铮主编： 《基督教与近代文化》（上海，上海人民出版社, 1994.12）
7、《德贞的西医译著》, 《中华医史杂志》, 1995.10
8、《医学与传教，不同道不相与谋》 ,《自然辩证法通讯》, 1996.4
9、“Surgery in Nineteenth Century China: Under the Influence of Western Medicine’s Propagation in China”, History of Ideas in Surgery: Proceedings of 17th International Symposium on the Comparative History of Medicine – East and West( Ishiyaku Eu-roAmerica, Inc. Publishers 1997)
10、《流行病与文明相伴而行？》 《新华文摘》, 2003.9
11、《颜福庆的理想：一生为了中国医学现代化》 , 《文汇报* 学林》，2005年9月2日
12、《 颜福庆与中国医学现代化》, 《文汇报* 学林》,2007年10月28日
13、《“解剖学”名词的确定与由来—以德贞的《全体通考》为中心》， 《历史研究》，2008年12月第6期
14、“《格氏解剖学》的中译本”, 《历史上的中国出版与东亚文化交流》，2009年11月
15、《德贞与中国医学早期现代化》，《科学的计算》，华东师范大学出版社，2009年
16、“The Truth and Evils of Opium: The Anti-Opium Activities of British Missionary to China John Dudgeon(1837-1901)”, Frontiers of History in China, 2010.9
17、《虚拟课程 真实教育——同文馆医学教育》，《跨越空间的文化——16-19世纪中西文化的相遇与调适》，2010年5月
18、《美国驻朝鲜公使安连笔下19世纪朝鲜的生态环境与医药卫生——以《海关医学报告》 为中心》，《韩国研究论丛》, 2010年12月
19、《朝鲜来信——19世纪朝鲜汉城的医药卫生记录》，《医生来信》，韩国首尔大学医学院论文集，2010年
20、《德贞：东西方医学文化的交流使者》，《自然辩证法通讯》2011年第4期
21、《鸦片的罪恶与真相》，《中国现代化视野下的教会与社会》，上海人民出版社2011年
22、Between the state and the sphere:The Chinese state medicine movement ,1930-1949, Science,Public Health and the State in Modern Asia, Routledge,2011.
23、《麻省理工的“一等星——钱学森在麻省理工的日子”》，《上海交通大学学报》，2012.1
24、《朱维铮先生的实相》，《文汇报》，2013年2月25日
25、Chinese Perspectives on Medical Missionaries in the 19th century :The Chinese Medical Missionary Journal, Journal of Cultural Interaction in East Asia, 2014,Vol.5
26、Foreign Models of Medicine in Twentieth-Century China, Edited by Bridie Andrews and Mary Brown Bullock, Medical Transitions in Twentieth-Century China, Indiana University Press,2014
27、《博医会报》与中国医学现代化，《博医会报》重印影序，国家图书出版社，2014年
28、《卫生之道与卫生政治化—20世纪中国西医体系的确立与演变（1900-1949）》，《史林》，2014年第5 期
29、Learning from the Soviet Union:Pavlovian Influence on Chinese Medicine ,1950s, Edited by Liping Bu and Ka-che Yip, Public Health and National Reconstruction in Post-War Asia,Routlrdge,2014
30、《评《战时拯救—中国医学改革和现代卫生保障体系的建立（1928-1945》》，《中华医史杂志》，2015年1月
